Ustalając honoraria dla twórców (np. oprogramowania), pracodawcy stają przed niejednym problemem. 

Już sam model określania wysokości honorarium w oparciu o proporcję prac twórczych do ogólnej liczby przepracowanych godzin, mimo że potwierdzony ogólną interpretacją MF, budzi wątpliwości. Jakie bowiem czynności można uznać za twórcze? Czy będzie to na przykład lunch z klientem, na którym omawiany jest utwór (np. aplikacja)? 

Z naszej praktyki wynika, że na tle wynagrodzeń twórców często dochodzi do sporów z fiskusem. Organy podatkowe kwestionują stosowanie podwyższonych kosztów uzyskania przychodu, zarzucają brak odpowiedniej dokumentacji potwierdzającej powiązanie wysokości honorarium z konkretnymi utworami. Innym punktem spornym jest to, czy w ogóle dochodzi do przeniesienia praw autorskich. Trzeba pamiętać, że utwory w postaci programów komputerowych wykonanych w ramach stosunku pracy, z mocy prawa należą do pracodawcy (nie dochodzi do przeniesienia praw autorskich). To powoduje, że nie mogą być zastosowane podwyższone koszty uzyskania przychodów, bo mają one zastosowanie do dochodu z tytułu przeniesienia praw autorskich. 

Rozwiązaniem tego ostatniego problemu jest przewidzenie w umowie o pracę innego sposobu nabywania praw autorskich do programów komputerowych. Z naszych obserwacji wynika, że wielu pracodawców o tym nie pamięta.